Embora a palavra ‘Bon-sai’ seja japonesa, a arte que ela descreve tem origem no império chinês. Por volta do ano 700 a.C. os chineses começaram a arte do ‘pun-sai’, usando técnicas especiais para cultivar árvores anãs em bandejas.

Originalmente, apenas a elite da sociedade praticava o pun-tsai com espécimes coletadas nativas, e, assim, as árvores foram espalhadas por toda a China como presentes de luxo. Durante o Período Kamakura, período em que o Japão adotou a maior parte das marcas registradas culturais da China, a arte de cultivar árvores em bandejas foi introduzida no Japão. Os japoneses desenvolveram o Bonsai ao longo de certas regras devido à influência do zen-budismo e do fato de que o Japão tem apenas 4% do tamanho da China continental. A variedade de formas de paisagem era, portanto, muito mais limitada. Muitas técnicas, estilos e ferramentas largamente conhecidos hoje foram desenvolvidos no Japão a partir de originais chineses. Embora conhecido de forma limitada fora da Ásia por três séculos, só recentemente o Bonsai tem sido verdadeiramente difundido fora de seus países de origem.

Nos antigos escritos o bonsai era descrito como: a técnica de reduzir o dragão a uma polegada.

O ideograma chinês e japonês para a palavra bonsai é muito semelhante. Ainda segundo Xu Xiaobai, está arte (bonsai) teve seu início na Dinastia Han e Qin em 221 A.C. Isto nos mostra, neste momento, mais de 2000 anos de história. É fácil entender que a história do bonsai se confunde em certo momento, com o desenvolvimento destas pequenas paisagens embora não tenhamos data para seu começo.